Reformation, Religionskrige og Genrejsning 1517-1685
Religionsbrandens hærgen
Femtenhundredetallet blev i det meste af Europa præget af det opgør med den katolske enhedskirke, som i Danmark og Nordtyskland bedst kendes gennem Martin Luthers revolutionerende ophængning af sine 95 teser på kirkedøren i Wittenberg i 1517 og den tsunami, der herefter rejste sig inden for hele det kristne Europas kirkelige tro. Det var specielt Nordeuropa, der valgte at gå over på Luthers side, og den daværende kurfyrste Joachim II var ingen undtagelse. Han tillod såvel reformerte som katolikker deres tro, men det gav ballade, da hans efterfølger Johann af Sigismund selv valgte den reformerte tro. Svaret på denne ballade var, at befolkningen i mange tilfælde blev tvangsreformeret. I Brandenburg havde Luthers tidlige revolutionerende teser om oprør mod det eksisterende fået den ikke tiltænkte bivirkning, at bønder demonstrerede voldsomt mod fyrsternes luksus i de såkaldte tyske bondekrige 1524-25. Luther vedtog belært af den voldsomme virkning, denne opfordring til oprør havde haft, ideen om det åndelige og det verdslige regimente.
Der er formentlig ikke meget tvivl om, at årsagerne til reformationen i højere grad skal søges i magt- og ressourcespørgsmål frem for et teologisk skriftspørgsmål, som det ofte kan fremstå. Op igennem middelalderen havde det været i mange nordeuropæiske fyrsters interesse at vedkende sig den ny tro. På den ene side havde man ofte ikke andet valg, da man ellers ville blive erobret og få den påtvunget, og på den anden side så man selv klare politiske og militære fordele i at være dem, der tog ud som erobrere i religionens tegn. Det havde været god ide i at høre på kirken i Rom, så længe korstogene havde stillet nye territoriale landvindinger i sigte. Da det i løbet af 1300- og 1400-tallet langsomt døde ud, og kirkens magtbase i samfundet tilsvarende havde opnået uanede højder, var det gang på gang kommet til gnidninger mellem stat og kirkemagt. Så da en religiøs tvivler som Luther opstillede nogle af de dobbeltmoralske tvetydigheder i administreringen af den katolske tro, blev opbakningen ikke sen fra de protestantiske fyrster i nord, som med god grund følte, at der var meget langt til Rom.
Brandenburg var en af de stater, der førte an i reformationsprocessen, og som havde katolske, og dermed fjendtlige, naboer. For at styrke sin position indgik Brandenburg 1618 i en tandem med Preussen i territorialstaten Brandenburg-Preussen, og samme år brød rædslerne løs i Europa med den uundgåelige konflikt mellem protestanter og katolikker, der skulle blive kendt som trediveårskrigen, og som havde sit primære nedslag i Centraleuropa.
Op ad bakke og på fode igen
Berlin blev som mange andre byer i området hårdt ramt af krigsødelæggelser. En tredjedel af byen lå i ruiner, og byens indbyggertal var blevet halveret. Krigen kom til at betyde, at befolkningstallet faldt fra cirka 12.000 til 6.000, at Brandenburg-Preussen blev protestantisk, samt at byen stod med et kæmpe opbygningsarbejde foran sig. Det er i tiden efter trediveårskrigen, at man traditionelt regner, at Berlin som betydningsfuld metropol tager sin begyndelse.
Den såkaldte store kurfyrste, Friedrich Wilhelm I, lod byen befæste i 1658. Den blev dermed en vigtig garnisonsby, hvor op imod en fjerdedel af befolkningen var soldater, og i perioden 1658-88 udvidedes Berlin med forstæderne Friedrichswerder, Dorotheenstadt og Friedrichsstadt. I 1685 fik jøder og franske huguenotter frit lejde i byen via det toleranceedikt, som den gav religiøse minoriteter frit lejde i Brandenburg-Preussen. Jøderne bosatte sig på nordsiden af floden Spree ved Unter den Linden i det, der i dag er kvarteret ved Oranienburger Strasse, mens huguenotterne primært boede på nordsiden af Spree i Moabit.
