Byens grundlæggelse Hohenzollernes ankomst 1237-1484
Den lille bjørns vandring fra markgreve til kurfyrste
De to byer voksede efterhånden sammen til dobbeltbyen Berlin-Cölln i og omkring det nuværende Nikolaiviertel og Museumsinsel og fik såvel rådhus, fælles forvaltning, ydre forsvarsværker samt en bymur (der kan stadig ses rester i Klosterstrasse, Mitte). Det antages, at der i 1307 boede godt 2.000 indbyggere. I 1320 uddøde den askaniske slægt, og i stedet satte familien Wittelsbach fra Bayern sig en årrække på magten som markgrever. Forholdet til de nye magthavere forløb ikke uden gnidninger, idet borgerne lod deres frustration med Wittelsbachernes nedprioritering af området gå ud over områdets bisper, der udnyttede magttomrummet til at øge deres magt. I årene 1325-47 var Berlins borgere ekskommunikeret af den katolske kirke som følge af en opstand mod ærkebispen af Bernau.
I 1359 indtrådte byen i Hansaforbundet og opnåede snart en økonomisk førende stilling i Brandenburg. Ydermere flyttede markgreverne deres residens til byen. Den stadig stigende magt til markgrever og handelsfolk var en torn i øjet på det tysk-romerske kejserrige, den centrale magt i det tyske og katolske område. Løsningen på denne uro blev, at de indlemmede og ophøjede Brandenburg til et kurfyrstendømme med valgret til den tysk-romerske kejserpost. Hohenzollernslægten fra Baden-Württemberg fik i 1432 hvervet som kurfyrster af Brandenburg. Overgangen gik ikke uden gnidninger mellem de forskellige magtgrupperinger, da de gamle handels- og markgreveslægter fik indskrænket deres friheder markant under det nye centralstyre.
I 1447/48 kom det til langvarige tumulter under den såkaldte Berliner Unwille, der dog endte med kurfyrstens sejr og den endelige ophævelse af uafhængigheden i Berlin-Cölln, så herefter var de fuldt og helt kurfyrstelige byer. I 1486 blev byen residenshovedstad i kurfyrstendømmet Mark-Brandenburg, da det nye kurfyrstelige slot, Berliner Stadtschloss, i handelens gamle centrum, stod færdigt i 1484.
